Pada tahun 1945 di New Mexico, sebuah ledakan dari percobaan nuklir di Proyek Manhattan mengungkapkan struktur kristal yang aneh, dari mana makhluk bersayap terbang keluar. Di Calcutta 1996, Lara Croft didekati oleh Larson Conway, yang memperkenalkan dirinya kepada Jacqueline Natla, yang ingin untuk Lara untuk menemukan sepotong artefak yang disebut Scion, yang terletak di pegunungan Peru.
